不明国籍的少女柠檬突然出现在小新面前，给他带来了偶像动感超人的讯息：“新之助君，从今天起你就是实战间谍了。和我一起为正义而战吧！” 喜出望外的小新开始在柠檬的指导下进行特训，两人组成了间谍搭档，飞速成长。动感超人终于下达了新的指令：“向你们任务。邪恶博士藏匿了我的正义胶囊，将它夺回。” 行动开始。小新和柠檬来到了邪恶博士所在的海德尔纳王国。小新潜入研究所，单挑安全系统，见到了博士。谁知博士竟说出了惊人...

曝光的海报上，醒目写着“爸爸、妈妈，其实我是一名间谍。”预示着小新即将卷入间谍的世界中，同时也揭露出野原一家从未暴露的新秘密。小新将如何以007 的间谍面孔亮相在影迷面前，十分值得期待。小新为何成为间谍的人选？柠檬的目的到底是什么？野原一家即将面对何种危机四伏的事件？这一切即将揭晓……